內貿海運集裝箱市場的以國有性質的航運公司為主，私營內貿航運公司也得到蓬勃發展，尤其是2008年在金融危機的沖擊下，遠洋運輸一蹶不振。而我國內貿集裝箱運輸市場一枝獨秀，內貿集裝箱運輸市場迎來快速發展，但同樣我國內貿海運集裝箱運輸發展中也存在的問題。

（1）內貿集裝箱運輸管理機制不健全
（2）缺乏有效的理貨機制。外貿集裝箱運輸在海關體系的嚴格要求和管理下，其理貨機制是很完善的。但內貿集裝箱運輸卻根本沒有理貨這個程序。理貨機制的缺失帶來了幾個嚴重的問題：
       A.出現貨損的法律空白。由于沒有理貨機制，貨主、港口、收貨人往往會由于某種原因造成的貨物缺失而產生爭議，但卻沒有有效的文件來證明或澄清。
       B.不能對危險品進行有效監控。在沒有理貨監督的條件下，部分貨主就可以不報、瞞報危險品，或者夾帶危險品，從而為運輸安全帶來了嚴重隱患，極大地威脅到人民生命財產的安全。
       C.內貿集裝箱運輸超載現象嚴重，內貿集裝箱運輸超載是市場存在的主要問題之一。內貿集裝箱運輸中貨主為了節省運費獲得較大利潤，主觀上希望最大限度地利用集裝箱的空間。由于內貿集裝箱貨物種類繁多，甚至大量的建材、焦炭以及糧食都采用集裝箱運輸，因此就很容易造成內貿集裝箱的嚴重超重，目前這種現象在我國港口普遍存在，但由于港口區域之間競爭因素大多采取忍讓的態度。
（3）內貿單證體系不完善目前，內貿集裝箱運輸體系存在著嚴重的單證體系不完善的問題，主要表現為：不同的港口有著不同的單證，不同的船公司其單證也不一致。
（4）內貿集裝箱運輸價格體系不健全，交通部在內貿集裝箱發展初期制定了內貿港口有關收費的規則，明確規定了港口對于內貿集裝箱的收費標準。但是，這一標準嚴重低于外貿，基本上是外貿集裝箱相關收費的一半。但隨著內貿集裝箱運輸的發展這樣的價格機制已成為了內貿集裝箱發展的制約因素。同時由于內貿集裝箱運價沒有一個有效的監督機制，船公司之間在同一航線上的價格惡性競爭，也影響了內貿集裝箱運輸市場的健康發展。
（5）內貿水路集裝箱運輸市場準入機制需要調整
從港口層面來看，部分港口原先是從事外貿集裝箱業務的，轉為內貿集裝箱碼頭或內外貿兼作的碼頭后，仍然能夠保證擁有較完備的碼頭基礎設施和管理體系。但部分中小內貿集裝箱碼頭在基礎設施條件和管理體系方面則有著很大的差距，閘口系統、信息系統、安保體系等都不健全。從船公司的層面來看，水陸內貿集裝箱運輸市場的門檻要遠低于外貿集裝箱運輸，因而出現內貿水陸運輸市場船型混雜，質量參差不齊，公司的運營管理體系也千差萬別，這也是導致運價市場混亂的部分原因之一。
（6）內貿集裝箱運輸基礎設施水平落后，裝卸費率偏低。目前，我國內貿集裝箱運輸港口的基礎設施水平還非常落后，內貿海運大部分碼頭由雜貨碼頭改造而成，基礎條件要遠落后于外貿集裝箱碼頭，極大地影響了內貿集裝箱運輸向更高層面的發展。碼頭裝卸作業，內、外貿集裝箱在碼頭的裝卸成本幾乎相同，但是裝卸費率卻僅有外貿集裝箱裝卸費率的1/2，加上油價的漲幅和人工費用，這就給內貿集裝箱碼頭帶來了較大的成本壓力，碼頭管理方也不愿意花費高昂的代價來更新基礎設施